Kaj je datoteka Protein Data Bank (PDB)? Kako ga odpreti in si ogledati v sistemu Windows 11?

Datoteka proteinske podatkovne banke (PDB) je oblika datoteke, ki se uporablja za shranjevanje tridimenzionalnih bioloških podatkov. Datoteke PDB se običajno uporabljajo za shranjevanje podatkov o beljakovinah, nukleinskih kislinah in drugih biomolekulah. Datoteke PDB si lahko ogledate na različne načine, vključno s programsko opremo, kot sta PyMOL in VMD. V sistemu Windows 11 lahko datoteko PDB odprete tako, da odprete Raziskovalec datotek, kliknete zavihek Pogled in nato izberete možnost za prikaz skritih datotek in map. Ko to storite, bi morali biti sposobni poiskati datoteko PDB, ki si jo želite ogledati. Datoteke PDB so pomembno orodje za znanstvenike, ki delajo z biomolekulami, saj omogočajo vizualizacijo in analizo podatkov v treh dimenzijah. Razumevanje odpiranja in ogledovanja datotek PDB je tako pomembna veščina za vsakogar, ki dela na področju bioinformatike ali računalniške biologije.

Datoteke Protein Data Bank (PDB). so tridimenzionalne molekularne datoteke, ki hranijo molekularne strukture. Zdaj, če se sprašujete, kako odpreti takšne datoteke na osebnem računalniku, vas bo ta objava zanimala. Tukaj bomo podrobno razpravljali o datotekah PDB in o tem, kako si te datoteke ogledate v sistemu Windows 11/10. Torej, brez odlašanja, preverimo!

Kaj je datoteka Protein Data Bank (PDB)?

Banka podatkov o beljakovinah (PDB) je podatkovna zbirka 3D strukturnih podatkov za proteine, nukleinske kisline in druge velike molekule. Datoteka iz BDP Končnica datoteke je v bistvu datoteka, ki vsebuje podatke, povezane s strukturo 3D biološke molekule. Podatki vključujejo atomske koordinate, atomske strukture, atomsko povezljivost, strukturo beljakovin, strukturo nukleinske kisline in drugo. Vsebuje tudi eksperimentalne metapodatke.

Ta oblika datoteke se pogosto uporablja v bioinformatiki za izmenjavo koordinat beljakovin. Vsebuje na tisoče vrstic, ki opisujejo strukturo beljakovine. Zdaj, če želite prebrati ali si ogledati datoteke PDB v računalniku z operacijskim sistemom Windows, morate uporabiti namensko orodje tretje osebe, saj za to ni izvorne aplikacije. V tej objavi bomo razpravljali o različnih načinih za ogled datoteke PDB v sistemu Windows 11/10.

Kako si ogledati datoteko Protein Data Bank (PDB) v sistemu Windows 11?

Obstajata dva načina za ogled datoteke Protein Data Bank (PDB) v sistemu Windows 11/10, in sicer:

1. Uporabite brezplačno programsko opremo za ogled datotek PDB.
2. Preizkusite brezplačno spletno orodje za branje datotek PDB.

1] Uporabite brezplačno programsko opremo za ogled datotek PDB.

Uporabite lahko programsko opremo Windows drugih proizvajalcev, ki vam omogoča odpiranje in ogled datotek PDB. Za Windows je na voljo več brezplačnih namiznih aplikacij, ki jih lahko preizkusite. Tukaj je nekaj dobrih, ki jih lahko uporabite:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekula
• RasMol

A] IKmol

IQmol je brezplačen in odprtokoden molekularni urejevalnik in programska oprema za vizualizacijo za Windows 11/10. Z njim si lahko ogledate PDB in različne druge 3D datoteke molekul, kot so MOL, SMI, CUBE, XYZ itd. V tej programski opremi lahko najdete vsa pomembna orodja za molekularno vizualizacijo. Ta orodja segajo od osnovnih do naprednih. Poleg ogleda datoteke PDB lahko uredite tudi molekularno strukturo.

Omogoča odpiranje več datotek PDB hkrati in ogled vseh hkrati. Na plošči Pogled modela lahko omogočite ali onemogočite upodabljanje ene ali več datotek PDB.

Glavne značilnosti IQmol:

Funkcije tega brezplačnega in odprtokodnega pregledovalnika datotek PDB, ki si jih lahko ogledate, so:

• Najdete lahko vsa standardna orodja za brskanje po datotekah, vključno s povečavo/pomanjšanjem (s koleščkom miške), premikanjem, vrtenjem, celozaslonskim prikazom, ponastavitvijo pogleda, prikazovanjem osi itd.
• Omogoča vam prilagajanje videza modela z urejanjem parametrov, kot so senčenje, ambientalna svetloba, difuzija, moč megle, poudarki, intenzivnost šuma, parametri POV-Ray itd.
• Dodate lahko tudi atomske oznake, kot so atomska masa, delni naboj, NMR, spinska gostota itd.
• To vam omogoča, da prilagodite nastavitve kamere po svojih željah. Prilagodite lahko projekcijo kamere, položaj itd.
• imeti priročno Samodejno vrtenje funkcija, ki omogoča samodejno vrtenje molekularnega modela.
• Trenutno predstavitev proteinske strukture lahko shranite v formatu slike, kot je PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS itd.
• Omogoča tudi pretvorbo PDB v druge datoteke molekul s funkcijo »Shrani kot«. Podprti izhodni formati: XYZ, MOL, MOL2, CML itd.
• Lahko ga tudi uporabite Izračun funkcije za izračun energija molekularne strukture, sile, skeniranje PES, prehodno stanje, kemijski premiki, geometrija, energija razgradnje, korekcija BSSE, in tako naprej.

Poleg funkcij za ogled dobite poseben meni Build z naborom funkcij molekularne konstrukcije. Te funkcije vključujejo dodajanje novih atomov, vstavljanje novih molekul, minimiziranje strukture, nastavitev izotopov in drugo.

To je res dobra programska oprema za molekularno modeliranje, s katero lahko vizualizirate datoteke Protein Data Bank na vašem računalniku. Če vam je všeč, prenesite od tod .

Glej: Chem4Word je kemijski dodatek za Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer je poseben brezplačen pregledovalnik datotek PDB za Windows 11/10. Omogoča vizualizacijo in analizo več beljakovinskih struktur hkrati. Lahko analizirate strukturo beljakovin, strukturo DNK itd., ki jih vsebuje datoteka PDB. Poleg datoteke PDB vam omogoča tudi odpiranje in ogled datotek MOL in MMCIF.

Ko odprete datoteko PDB, se na vmesniku prikaže 3D pogled skupaj z oknom nadzorne plošče. Nadzorna plošča vsebuje splošne informacije, seznam in naslov datoteke. Z lahkoto lahko premikate strukturo, jo vrtite, povečate/pomanjšate itd.

Omogoča vam tudi, da prikažete ali skrijete površino pike, bazo, vodikove vezi, vektorje sile in drugo glede na vaše želje. Prav tako lahko poudarite različne dele z različnimi barvnimi shemami za boljšo analizo strukture. Poleg tega lahko uporabite funkcije prikaza, kot so Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels in druge.

Poleg orodij za vizualizacijo dobite tudi veliko funkcij molekularnega modeliranja. Poleg tega vsebuje tudi izračun energije, izračun H-vezi, analizo domene, zaznavanje domene, ustvarjanje 3D motiva, gradnjo kristalografske simetrije in druga orodja.

Lahko ga prenesete iz Uradna stran .

Preberite: Najboljša brezplačna programska oprema za analizo porabe energije za Windows 11/10.

C] QMol

Cumol je še en brezplačen pregledovalnik PDB za Windows 11/10. Je orodje za vizualizacijo makromolekularne strukture, s katerim si lahko ogledate datoteke PDB. Druge datoteke, ki jih lahko odprete in si ogledate v njem, so DX, MAP, MTZ, CNS itd.

Omogoča preklapljanje med perspektivnim in ortografskim pogledom, vrtenje modela, povečavo/pomanjšanje itd. Model lahko upodabljate z uporabo POV-Ray in njegovih metod upodabljanja animacije. Upodobljeno strukturo lahko shranite v formatu PNG. Na voljo je tudi merilno orodje, ki vam omogoča merjenje razdalje, kota in zasuka v modelu.

Najdete lahko tudi nekaj dodatnih orodij za nadaljnjo analizo strukture beljakovin. Ta orodja vključujejo Molekularna superpozicija, rezalnik površine Mol, generiranje površine Mol, urejevalnik vezi Mol, analiza interakcij, animacija Mol morph, in tako naprej.

Je dobra programska oprema za vizualizacijo in analizo strukture beljakovin v datotekah PDB.

Glej: Možnost .LIT # Kako pretvoriti LIT v EPUB ali MOBI v sistemu Windows?

programska oprema za varnostno kopiranje e-pošte

D] Molekule

Naslednja programska oprema za pregledovanje PDB na tem seznamu je Molekel. To je precej stara, a zmogljiva programska oprema za molekularno vizualizacijo, ki vam omogoča odpiranje in ogled datotek PDB. Najdete lahko številna orodja za molekularno vizualizacijo in analizo, ki vam omogočajo analizo beljakovinskih struktur.

Omogoča vam prilagajanje prikaza molekul, atomov, vezi, ostankov itd. Za vsakega od njih lahko izberete različne vrste prikaza, kot so Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicilinder, Wire, Stick, Linear Tape itd. Poleg tega lahko prilagodite lastnosti 3D-pogleda, prikažete/skrijete omejevalne okvire, uporabite senčnike itd. Omogoča vam ogled datoteke PDB s spreminjanjem gostote elektronov na površini strukturo in dodajanje površine, ki je na voljo za topilo, strukturi.

lahko najdeš Animacija funkcija v njem za predvajanje animacije strukture molekule. Ima tudi poseben meni 'Analiza' z ustreznimi orodji. Z orodji za analizo lahko določite mrežne podatke, rotacijsko gostoto, molekularni elektrostatični potencial, emisijski spekter, razdaljo, kot in drugo za strukturo.

Omogoča tudi pretvorbo datotek PDB v različne formate datotek. Ti formati vključujejo PDF, PS, EPS in sliko. Če vam je všeč, ga lahko dobite Tukaj .

Preberite: Complete Anatomy App je vreden prenosa za Windows. .

E] Rasmol

Za ogled datotek PDB v sistemu Windows 11/10 lahko uporabite tudi RasMol. Je brezplačna in odprtokodna programska oprema, ki vam omogoča vizualizacijo in analizo molekularnih struktur. Podpira tudi odpiranje in ogled drugih datotek, kot so MOL, XYZ, CIF, MOPAC itd.

Omogoča vam, da si strukturo ogledate kot okvir, osnovo, palice, trakove, niti itd. Različne dele strukture lahko tudi poudarite z različnimi barvami. Omogoča tudi prikaz ali skrivanje vodikovih atomov, heteroatomov, senc, oznak itd. glede na vaše želje. Izmerite lahko tudi razdaljo, torzijo, kot in druge vrednosti v strukturi.

Ta programska oprema je na voljo Tukaj .

Glej: Najboljša brezplačna programska oprema za 3D človeško anatomijo za Windows.

2] Preizkusite brezplačno spletno orodje za branje datotek PDB.

Za odpiranje in ogled datotek PDB lahko uporabite tudi brezplačno spletno orodje. Vse kar morate storiti je, da odprete spletno stran v spletnem brskalniku in prenesete datoteko PDB, da si jo ogledate. Tukaj je nekaj dobrih brezplačnih spletnih pregledovalnikov PDB, ki jih lahko preizkusite:

• RCSB PDB
• Molsoft

A] RCSB PDB

Windows ni mogel zagnati storitve diagnostične politike

To brezplačno spletno orodje, imenovano RCSB PDB, lahko uporabite za vizualizacijo datotek Protein Data Bank. Omogoča uvoz datoteke PDB ter nato vizualizacijo in analizo njene molekularne strukture.

Najdete lahko nekaj osnovnih funkcij vizualizacije, kot so povečava, vrtenje, preklop naprednega pogleda vrat, ponastavitev kamere, preklop izbirnega načina itd. Omogoča tudi prilagoditev nekaterih nastavitev ali možnosti nadzora, kot je način kamere (perspektivni ali ortografski), barva ozadja, na /izklop. onemogoči okluzijo, omogoči/onemogoči meglo, izrezovanje, lokacijo itd.

Prihaja z Animiraj funkcijo. S tem lahko samodejno zavrtite strukturo beljakovin. S tem lahko prilagodite hitrost in kot vrtenja. Dobiš tudi namensko Merjenje orodje v njem. S tem orodjem lahko ugotovite več vrednosti, kot so razdalja, orientacija, kot in drugo.

Poleg teh funkcij je na voljo več drugih priročnih orodij: iskanje strukturnih motivov, dodajanje komponent, izvoz animacij, izvoz geometrije (STL, OBJ itd.) in izvoz modela.

Skratka, to je res dober brezplačen spletni pregledovalnik PDB z odličnim naborom orodij za vizualizacijo. Lahko poskusite Tukaj .

B] Molsoft

Molsoft je še eno spletno orodje, ki ga je mogoče uporabiti za vizualizacijo struktur PDB. To je preprost pregledovalnik datotek PDB z osnovnimi funkcijami. Najprej ga odprite Spletna stran in kliknite možnost menija s tremi pasovi. Po tem izberite možnost »Odpri«, da uvozite lokalno shranjeno datoteko PDB ali naložite datoteko iz vašega Google Drive. Ko izberete datoteko, vam bo prikazala molekularno strukturo v pregledovalniku.

Za vizualizacijo strukture lahko uporabite različne načine pogleda. Ti pogledi vključujejo žični okvir, kreatin fosfokinazo (CPK), kroglo in palico, trak itd. Med temi načini pogleda lahko enostavno preklapljate, da ustrezajo vašim zahtevam. Poleg tega vam omogoča, da omogočite ali onemogočite atomske oznake, oznake ostankov, vodikove vezi in mesta za boljše razumevanje strukture.

Ponuja tudi merilna orodja. V modelu lahko merite razdaljo, ravni kot in kot zasuka. Poleg tega je na voljo priročna funkcija Color by, ki omogoča barvanje strukture glede na vrsto atoma, verigo, poravnavo, sekundarno strukturo itd.

To je še en dober spletni pregledovalnik datotek PDB, ki ga lahko preizkusite brezplačno.

Kako prenesti datoteko PDB iz Protein Data Bank?

Če želite prenesti datoteko PDB iz Protein Data Bank, lahko obiščete spletno stran Protein Data Bank, vnesete in poiščete ime beljakovine ali makromolekule, kot je človeški hemoglobin, kitinaza itd. Nato izberete datoteko med rezultati iskanja in uporabite možnost prenosa za prenos datoteke PDB. Tako preprosto.

Kako si ogledati strukture PDB?

Molekularne strukture PDB si lahko ogledate z namenskim spletnim orodjem ali programsko aplikacijo. Preizkusite lahko brezplačno programsko opremo, kot so IQmol, Swiss-PdbViewer in CueMol, za vizualizacijo in analizo struktur PDB v vašem računalniku. Če raje uporabljate spletno orodje, obstaja veliko možnosti. Preizkusite na primer spletne storitve, kot sta RCSB PDB in Molsoft. To so brezplačni spletni pregledovalniki datotek PDB, ki nudijo napredna orodja za molekularno vizualizacijo in analizo.

Kako pretvoriti datoteko PDB v PDF?

Za pretvorbo datoteke PDB v PDF lahko uporabite to brezplačno namizno aplikacijo Molekel. Ponuja posebno možnost »Shrani v PDF«, ki vam omogoča pretvorbo datoteke PDB v format PDF. Datoteko PDB lahko odprete in nato kliknete »Datoteka« > »Shrani v PDF«, da pretvorite PDB v PDF. O tej programski opremi smo podrobno razpravljali v tej objavi, preverite jo zgoraj.

To je vse.

Zdaj preberite: Najboljša brezplačna programska oprema za molekularno modeliranje za Windows.